Collocato tra la navata e il transetto della chiesa, di norma era circondato da portici coperti dalle intemperie da un tetto su capriate o da volte in muratura. Le abbazie maggiori possedevano più chiostri oltre a vari orti-giardino coltivati con erbe medicamentose o produzioni orticole.
Un chiostro atrio si trovava antistante la chiesa, un altro deputato al passaggio dei religiosi per le funzioni (adibito a volte anche a cimitero) era situato a lato della navata della chiesa o presso l’abside, il chiostro principale, era quello destinato per lo più a giardino e finalizzato alle necessità proprie della vita monastica, come la lettura, il raccoglimento e la ricreazione all’aria aperta. Il restauro del Chiostro è ispirato a quell’antico spazio che rimanda all’idea di giardino anche se privo di spazi verdi e piante, poiché luogo legato a particolari significati della tradizione cristiana come l’amore di Dio per l’essere umano, giardino in cui scorre acqua sorgiva e perenne. Il pozzo centrale, il puteos, richiama la presenza dell’acqua quale fonte di vita. Nella metafora del giardino, del frutteto e dell’acqua che risana vi è il tema del rapporto tra Uomo e Dio.
Il giardino- chiostro monastico e conventuale, è quindi luogo della contemplazione e della meditazione. Il paradiso perduto è qui ritrovato, spazio al cui centro vi è oltre alla fonte dell’acqua, l’Albero (il noce al centro del chiostro) le cui foglie guariscono, simbolo dell'unione tra terra e cielo per via delle radici piantate al suolo e i rami rivolti verso il cielo. Sotto i portici è possibile inoltre visitare la Sala Lucido e Beato Matteo, primi seguaci di San Francesco.
